Il Death Egg del Dr. Eggman (anche conosciuto come Dr. Robotnik) è stato ancora una volta distrutto da Sonic, per poi schiantarsi sulla cima di un vulcano nella Floating Island.

Il Dr. Eggman è ancora a piede libero e Sonic non può permettergli di mettere le mani sul Master Emerald e riparare il Death Egg. Inoltre, Sonic deve stare attento anche a Knuckles che, a sua volta, ha dei problemi. Come guardiano della Floating Island e di tutti gli Smeraldi, Knuckles deve fare la sua parte per tenere al sicuro l'isola. Mentre si ostacolano a vicenda, chi fermerà il Dr. Eggman?